Desde 2016, MSF faz parceria com uma organização local, a Likhaan, para oferecer serviços de saúde sexual e reprodutiva em dois distritos de Manila densamente povoados e empobrecidos, Tondo e San Andres. Em 2017, MSF e Likhaan se mudaram para uma clínica maior em Tondo e realizaram uma média de 1.380 consultas mensais nas duas clínicas. As clínicas oferecem serviços de planejamento familiar e atendimento a sobreviventes de violência sexual, bem como diagnóstico e tratamento para o câncer de colo do útero. MSF, em conjunto com Likhaan e Manila City Health, também vacinou mais de 23 mil meninas contra o papiloma vírus humano, responsável pelo câncer de colo do útero.

A partir de junho de 2017, MSF ofereceu primeiros socorros psicológicos, além de atividades de tratamento de água, saneamento e higiene para pessoas deslocadas por conta do conflito na cidade de Marawi, região de Mindanao, entre as forças armadas filipinas e duas facções pró-Estado Islâmico, os grupos Maute e Abu Sayyaf. Mais de 370 mil pessoas foram deslocadas de Marawi e seus arredores.

MSF ofereceu primeiros socorros psicológicos a mais de 11.500 pessoas e distribuiu 1.500 kits de higiene e 1.150 galões. Quando o cerco a Marawi chegou ao fim, em outubro, MSF permaneceu na área para apoiar os deslocados internos e as pessoas que retornavam.