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MSF trabalha em parceria com o Ministério da Saúde e em 2017 apoiou quase 11 mil pessoas vivendo com HIV. O projeto oferece diagnóstico de HIV, tratamento e serviços de acompanhamento, bem como atividades de promoção de saúde, em seis centros de saúde na capital, Conakry. Desde dezembro de 2016, MSF também apoia uma unidade de 31 leitos no hospital Donka, que oferece atendimento especializado a pacientes internados com Aids.
Em 2017, MSF lançou novas atividades em Kouroussa, no nordeste da Guiné, onde a malária é hiperendêmica e a principal causa de mortalidade. O projeto visa desenvolver modelos de cuidado comunitário, que possam ser adaptados a essa área rural, direcionados a crianças menores de 5 anos de idade. Atualmente, MSF apoia o hospital municipal e cinco centros de saúde. A equipe está melhorando o acesso a cuidados de saúde treinando e apoiando os provedores de assistência médica comunitária para diagnosticar condições e tratar formas simples de doenças como malária, diarreia e desnutrição, além de identificar casos que demandem transferências.
O projeto na Guiné mantém capacidade total para reagir a emergências como epidemias e desastres naturais. Em março de 2017, MSF trabalhou com o Ministério da Saúde para enfrentar uma epidemia de sarampo nas cinco comunidades de Conakry, vacinando mais de 650 mil crianças com idades entre seis meses e 10 anos.