Na região central de Bafatá, MSF trabalha continuamente para reduzir a mortalidade infantil, mantendo as enfermarias neonatais e pediátricas do hospital regional, além de manter um programa de nutrição para crianças com  menos de 15 anos de idade. As equipes também apoiaram quatro centros de saúde em áreas rurais e treinaram agentes comunitários de saúde para diagnosticar e tratar diarreia, malária e infecções respiratórias agudas, bem como para detectar e encaminhar pacientes com desnutrição. Operaram também um sistema de transferência hospitalar.

MSF dobrou a capacidade de leitos do hospital regional durante o pico da incidência de malária e, como medida preventiva adicional, implementou uma estratégia de quimioprevenção sazonal da malária (SMC) pelo segundo ano consecutivo, alcançando 21 mil crianças em Bafatá. Como resultado das iniciativas de negociação e treinamento da equipe, foram alocados fundos para a SMC em outras regiões da Guiné-Bissau.

No hospital nacional de Simão Mendes, na capital Bissau, MSF apoiou atividades na unidade de terapia intensiva pediátrica e disponibilizou, a partir de setembro, 40 leitos na unidade de terapia intensiva neonatal. A equipe atuou com êxito nos serviços de pediatria e maternidade do Ministério da Saúde para reduzir as altas taxas de mortalidade infantil nas unidades, que ocorriam, principalmente devido a sepse neonatal, infecções do trato respiratório inferior e malária.