تقدم فرق أطباء بلا حدود منذ عام 2012 الرعاية الصحية الأولية ودعم الصحة النفسية من خلال المرفق الذي تديره في جرجيس، وهي بلدة ساحلية تقع في جنوب شرقي البلاد. واستجابةً لزيادة الاحتياجات الطبية قامت المنظمة بتوسيع أنشطتها الطبية لتغطي المهاجرين والمجتمعات المستضعفة في صفاقس، وهي مدينة كبيرة تقع على بعد 280 كيلومتراً شمالي جرجيس. كما استمر فريق تابع للمنظمة بتوفير المساعدات الطبية لأولئك الذين لا يزالون في مخيم شوشة على مقربة من الحدود الليبية. أجرت عيادات أطباء بلا حدود خلال 2016 ما مجموعه 384 استشارة طبية وعالجت 226 مريضاً جديداً كانوا في معظمهم من إفريقيا جنوب الصحراء وكذلك من سوريا وليبيا وتونس. ودعمت المنظمة الجهود المحلية للتعامل مع ارتفاع مستويات الوفيات والمعاناة في البحر المتوسط من خلال تدريب الصيادين التونسيين وخفر السواحل وموظفي الحماية المدنية والجمارك في تونس والهلال الأحمر الليبي على عمليات البحث والإنقاذ والتعامل مع الجثث. نفذت المنظمة جولتين من التدريبات في مارس/آذار ويونيو/حزيران وهما الشهران اللذان تبلغ فيهما الهجرة ذروتها، وقد حضر الدورات التدريبية 230 شخصاً. كما تبرعت بإمدادات طبية و9,826 قطعة من مستلزمات الحماية الشخصية ومعدات الإنقاذ للمتدربين. إضافةً إلى هذا فقد تبرعت المنظمة بمستلزمات الطوارئ لثلاثة مستشفيات، وتضمنت هذه المستلزمات أدوية وإمدادات طبية تكفي للتعامل مع تدفق 50 جريحاً.