Ce programme vise à démontrer qu'il est possible de traiter la TB chez les enfants et de diagnostiquer et vaincre la maladie, y compris ses formes pharmaco-résistantes. Il s'appuie sur un modèle de soins comprenant un dépistage actif des cas par traçage des contacts, le test, le traitement, la préparation de polythérapies personnalisées, et le suivi et la gestion des effets indésirables. Il fournit un soutien psychosocial, avec du counselling et des thérapies par le jeu pour favoriser l’observance des traitements, la scolarisation des enfants hospitalisés et le traitement des co-infections par le VIH et/ou de malnutrition sévère chez les enfants. Fin 2017, quelque 190 patients étaient sous traitement. 

Le projet est novateur par son utilisation de nouvelles polythérapies pour des enfants de tous âges. En 2017, l'équipe a célébré deux premières : un patient atteint de TB ultra-résistante a achevé avec succès son traitement combinant bédaquiline et délamanide, et deux patients atteints de formes multirésistantes ont terminé avec succès un schéma thérapeutique court. De plus, en 2017, un protocole de traitement pédiatrique actualisé, élaboré par MSF, a été intégré dans les directives nationales. Pour renforcer les capacités du ministère de la Santé, MSF a animé 20 sessions de formation pour 425 généralistes, infirmiers et soignants. 
 
Dans le projet pédiatrique et familial de lutte contre le VIH à Kulob, au sud du pays, MSF s'emploie à réduire la morbidité et la mortalité chez les enfants atteints du VIH/sida et leurs familles, en ciblant les infections opportunistes (en particulier la TB), en assurant la prévention de la transmission du virus de la mère à l'enfant et en menant des actions de prévention pour empêcher la transmission d'infections par le sang. Depuis l’ouverture du projet en 2015, MSF a mis 134 patients sous traitement. En 2017, MSF a soutenu la mise en place de deux zones de collecte des déchets médicaux et la rénovation des zones de consultation. L'équipe a mené 101 sessions de formation, pour 1'767 participants, abordant les bonnes pratiques cliniques, les mesures de prévention, les procédures de divulgation et le conseil pour l’observance des traitements, et a aussi initié les premiers groupes de soutien des patients pour les proches d'enfants atteints du VIH.