تعمل منظمة أطباء بلا حدود منذ 2016 بالتعاون مع منظمة محلية تدعى ليكان لتوفير خدمات الصحة الجنسية والإنجابية في اثنين من أحياء مانيلا المكتظة والفقيرة ألا وهما توندو وسان أندريس.
وفي عام 2017 انتقلت أطباء بلا حدود وليكان إلى عيادة أكبر في توندو حيث أجرت 1,380 استشارة وسطياً كل شهر في العيادتين معاً. يشار إلى أن العيادة تقدم خدمات التخطيط الأسري والرعاية لضحايا العنف الجنسي، إلى جانب فحوصات الكشف عن سرطان عنق الرحم وعلاجه. هذا وقامت منظمة أطباء بلا حدود بالتعاون مع منظمة ليكان وهيئة صحة مانيلا بتحصين أكثر من 23,000 فتاة ضد فيروس الورم الحليمي البشري المسؤول عن سرطان عنق الرحم.
واعتباراً من يونيو/حزيران 2017 بدأت طواقم أطباء بلا حدود بتوفير الإسعافات الأولية النفسية وإدارة أنشطة المياه والصرف الصحي والنظافة التي تستهدف النازحين جراء النزاع بين الجيش الفلبيني وفصيلين مواليين لتنظيم الدولة الإسلامية وهما جماعة موتي وجماعة أبو سياف في مدينة مراوي التابعة لمنطقة مينداناو. فقد نزح أكثر من 370,000 شخص من مراوي والمناطق المحيطة بها.
قدمت طواقم أطباء بلا حدود الإسعافات الأولية النفسية لأكثر من 11,500 شخص ووزعت 1,500 صندوق من مستلزمات النظافة و1,150 صفيحة ماء. وحين أُعلن عن حصار مراوي أواخر أكتوبر/تشرين الأول، بقيت طواقم المنظمة في المنطقة لدعم النازحين والعائدين.